Saat Anak Terpilih dan Digimon pasangannya hidup bahagia bersama di dunia manusia, Taichi Yagami dan Yamato Ishida, bersama teman-teman mereka, mendedikasikan diri mereka untuk menjaga perdamaian yang diperoleh dengan susah payah ini. Meski dipersatukan oleh tanggung jawab bawaan ini, masing-masing orang sudah mulai mengambil langkah pertama menuju masa depan selain menjadi Anak Terpilih.
Namun, perjalanan baru ini terganggu oleh kemunculan Menoa Bellucci, seorang profesor Amerika yang berspesialisasi dalam penelitian Digimon. Dia membawa berita tentang beberapa Anak Terpilih dari seluruh dunia ditemukan koma, dengan Digimon pasangan mereka tidak dapat ditemukan. Investigasi Menoa menunjukkan bahwa generasi baru Digimon berada di balik fenomena yang mengkhawatirkan: Eosmon, yang bersembunyi di kedalaman internet.
Untuk berhasil dalam misi ini, tim harus berusaha melewati jarak yang semakin jauh di antara mereka dan bersatu untuk terakhir kalinya.
