Setelah lima tahun menyimpan perasaan yang tak terucapkan, siswa SMA Taiju Ooki akhirnya siap untuk mengakui cintanya kepada Yuzuriha Ogawa. Namun ketika Taiju memulai pengakuannya, sebuah lampu hijau yang menyilaukan menghantam Bumi dan membuat manusia ketakutan di seluruh dunia — mengubah setiap manusia menjadi batu.
Beberapa milenium kemudian, Taiju terbangun untuk menemukan dunia modern sama sekali tidak ada, karena alam telah berkembang di tahun-tahun ketika umat manusia berdiri diam. Di antara dunia batu patung, Taiju bertemu dengan satu manusia yang masih hidup: temannya yang mencintai sains, Senkuu, yang telah aktif selama beberapa bulan. Taiju belajar bahwa Senkuu telah mengembangkan skema besar — untuk meluncurkan kebangkitan penuh peradaban dengan sains. Otak Taiju dan Otak Senkuu bergabung untuk menjalin kemitraan yang tangguh, dan mereka segera menemukan metode untuk menghidupkan kembali mereka yang ketakutan.
Namun, rencana induk Senkuu terancam ketika ideologinya ditentang oleh mereka yang terbangun. Sementara itu, alasan membatu umat manusia masih belum diketahui.
