Suzume, seorang gadis berusia 17 tahun yang tinggal di kampung tenang daerah Kyushu bertemu dengan seorang pemuda yang berkelana “mencari sebuah pintu”. Karena penasaran, Suzume pun mengikuti pria itu dan menemukan pintu lapuk di reruntuhan di pegunungan. Ternyata ada alam semesta lain diseberang pintu itu yang bisa dia lihat dan rasakan, tetapi tidak bisa dimasuki.
Tak sengaja melepaskan “Kanameishi ” dan membiarkan pintu itu terbuka, sekarang seluruh negara terancam bahaya.
Tak lama, pintu mulai terbuka satu per-satu di berbagai penjuru Jepang. Di balik pintu yang jauh terjadi bencana, pintu yang terbuka harus ditutup kembali.
Ingin memperbaiki kesalahannya, Suzume membantu Souta menyelesaikan misinya, “perjalanan mengunci pintu” Suzume pun dimulai.
