Setelah perperangan selama tiga tahun, Mahito Maki kehilangan ibunya dalam sebuah kebakaran tragis di rumah sakit. Tak lama kemudian, ayahnya menikah dengan Natsuko, adik perempuan dari ibu Mahito. Mereka membawa Mahito keluar dari Tokyo untuk mencari perlindungan di rumah keluarga pedesaan mendiang ibunya. Di sana, Mahito terus-menerus diejek oleh seekor burung bangau abu-abu aneh, yang tampaknya menaruh minat padanya. Tidak dapat menerima kehilangannya dan berjuang untuk menyesuaikan diri dengan kehidupan baru di tempat yang asing, anak laki-laki itu terkejut saat mengetahui bahwa Natsuko hamil. Dan parahnya, burung bangau yang mengganggu itu dapat berbicara dan mengklaim kalau ibu Mahito masih hidup. Sambil membawa anak itu ke menara dekat kediamannya, bangau tersebut bilang kalau Mahito bisa menyelamatkannya dari kematian, akan tetapi bocah itu tidak mudah terpengaruh. Namun, saat Natsuko menghilang, Mahito melihatnya berjalan ke menara dan terdorong untuk masuk demi menyelamatkannya. Dia melihat dirinya jatuh ke dunia lain yang ada di bawahnya. Saat dia menjelajahi dunia asing ini untuk menemukan Natsuko, Mahito harus memahami apa artinya hidup jika dia ingin kembali ke rumah dengan selamat.
